Auf der Strecke zwischen den Bahnhöfen Sillian und San Candido/Innichen können die österreichische und italienische Ein- und Ausgangsabfertigung im Reiseverkehr in beiden Richtungen auch während der Fahrt durchgeführt werden. Die Grenzabfertigung erstreckt sich auf Personen, das Hand- und Reisegepäck, die mitgeführten Tiere sowie auf sonstige Waren, die nach den geltenden Vorschriften während der Fahrt abgefertigt werden können.