Den Vorsitz im Bundeslenkungsausschuß führt der Bundesminister für Land- und Forstwirtschaft, Klima- und Umweltschutz, Regionen und Wasserwirtschaft und im jeweiligen Landeslenkungsausschuß der zuständige Landeshauptmann. Der Bundesminister für Land- und Forstwirtschaft, Klima- und Umweltschutz, Regionen und Wasserwirtschaft kann sich dabei durch einen Beamten des Bundesministeriums für Land- und Forstwirtschaft, Klima- und Umweltschutz, Regionen und Wasserwirtschaft und der jeweilige Landeshauptmann durch einen Beamten des Amtes der Landesregierung vertreten lassen.