Das PSG enthält keine gesetzlich geregelte Funktionsperiode bzw Höchstdauer der Tätigkeit als Stiftungsprüfer. Regelungen über die Funktionsdauer können allerdings in der Stiftungserklärung getroffen werden, wobei der Spielraum von der Bestellung jeweils für eine Prüfung bis zur zeitlich unbeschränkten Bestellung reicht. Sieht die Stiftungserklärung keine Beschränkung der Funktionsperiode vor, ist diese grundsätzlich unbeschränkt. Mangels einer Befristung der Bestellung bleibt der Stiftungsprüfer so lange im Amt, bis er zulässigerweise abberufen wird oder seine Tätigkeit auf sonstige Weise endet.

Das Bestellungsorgan kann jedoch die Bestellung des Stiftungsprüfers auch bei Fehlen entsprechender Regelungen in der Stiftungserklärung im eigenen Ermessen auf eine bestimmte Funktionsperiode beschränken. Abweichende Regelungen über die Funktionsperiode sind sowohl für das Gericht als auch für einen allenfalls bestellten Aufsichtsrat bindend. Sieht die Stiftungserklärung eine variable Zeitspanne vor, liegt es im Ermessen des bestellenden Organs, die Bestellung des Stiftungsprüfers für ein, zwei oder drei Perioden vorzunehmen.

Die Stiftungserklärung kann auch Regelungen über die Wiederholbarkeit der Bestellung desselben Prüfers vorsehen, wobei ohne Aufnahme einer derartigen Regelung die Wiederbestellung eines Prüfers mangels gegenteiliger Anordnung des Gesetzes beliebig oft möglich ist. Eine Rotation hat der Gesetzgeber nicht zwingend vorgesehen.

Die Stiftungserklärung kann anderen Stellen ein Vorschlagsrecht betreffend die Funktionsdauer einräumen. Daran ist aber das Gericht nicht gebunden.