Das Ziel eines internen Kontrollsystems ist es, das Vermögen zu sichern, die Genauigkeit und Zuverlässigkeit der Abrechnung zu gewährleisten und die Einhaltung der Geschäftspolitik zu unterstützen. Ziel sind die Sicherheit, Ordnungsmäßigkeit und Wirtschaftlichkeit. Regelmäßig basiert es wohl auf Überwachungsmaßnahmen organisatorischer und EDV-technischer Art, wie Unterschriftenregelungen, EDV-Zugriffsbeschränkungen oder Arbeitsanweisungen und Kontrollmaßnahmen, die manuell oder automatisationsunterstützt, etwa Plausibilitätsprüfungen in der Buchhaltungssoftware, durchgeführt werden. Hinzu kommen Richtlinien und Regelwerke zur Definition von Standardprozessen sowie deren Dokumentation und eine interne Revision, die in diesem Zusammenhang die Aufgabe hat, bei wiederkehrenden Prüfungen die Effizienz eines IKS zu kontrollieren.